Notre tube digestif abrite des milliers de milliards de bactéries, virus et champignons : c’est le microbiote intestinal, l’ancienne « flore intestinale ». Longtemps ignoré, cet écosystème est aujourd’hui scruté par les chercheurs, notamment à l’Inserm, pour son rôle dans plusieurs maladies, dont l’obésité. Le microbiote n’explique pas à lui seul la prise de poids. Mais les preuves s’accumulent : il y participe activement, aux côtés de l’alimentation, de l’activité physique, du sommeil et de la génétique.
Un allié de la digestion… parfois un peu trop efficace
Son premier rôle est digestif. Il fermente les fibres et les résidus que notre intestin ne sait pas digérer seul, et nous aide ainsi à en tirer de l’énergie. Ce travail est si important qu’on le mesure par son absence : des animaux élevés sans aucun microbiote, dits axéniques, ont des besoins énergétiques 20 à 30 % supérieurs à ceux d’animaux normaux. Autrement dit, à assiette identique, la composition de vos bactéries peut influencer le nombre de calories réellement récupérées.
Trois façons dont vos bactéries pèsent sur la balance
Elles récupèrent plus ou moins d’énergie
C’est l’une des expériences fondatrices du domaine, publiée dans Nature en 2006. Des chercheurs ont transféré le microbiote de souris obèses dans l’intestin de souris élevées sans bactéries. Résultat : ces souris ont gagné nettement plus de masse grasse que celles qui avaient reçu le microbiote de souris minces, avec exactement la même nourriture. Le microbiote ne se contente donc pas de refléter l’état de l’organisme : il peut contribuer directement à la prise de poids.
Elles parlent à votre cerveau
En fermentant les fibres, les bactéries produisent des acides gras à chaîne courte. Ces petites molécules stimulent des cellules de l’intestin qui libèrent des hormones de la satiété, celles qui signalent au cerveau que l’on a assez mangé. Un microbiote peu nourri en fibres produit moins de ces messagers. C’est l’une des pistes qui expliquent pourquoi une alimentation pauvre en végétaux rassasie mal.
Elles entretiennent, ou calment, une inflammation discrète
Une alimentation très riche en graisses modifie la composition du microbiote : la part des bactéries dites « à Gram négatif » augmente. Or leur paroi contient une molécule, le LPS, capable de déclencher une réaction inflammatoire. Quand la paroi intestinale devient plus perméable, ce LPS passe dans le sang et gagne le foie, les muscles ou le tissu graisseux, où il entretient une inflammation chronique de faible intensité. Celle-ci favorise une résistance à l’insuline, étape qui précède souvent le diabète de type 2 et aggrave l’obésité. D’où l’intérêt de connaître les signes qui doivent faire penser au diabète.
Chez l’humain : cause ou conséquence ?
Un constat revient d’étude en étude : les personnes en situation d’obésité ont en moyenne un microbiote moins diversifié.
La grande étude européenne Metacardis, publiée dans Nature en 2020 sur 888 participants français, danois et allemands, l’a précisé. Elle a identifié une configuration particulière du microbiote, baptisée « Bact2 » : riche en bactéries du genre Bacteroides, pauvre en bactéries protectrices comme Faecalibacterium, et associée à davantage d’inflammation. On la retrouve chez 3,9 % des personnes non obèses, contre 17,7 % des personnes obèses. Surprise : chez les personnes obèses traitées par statines, des médicaments contre le cholestérol, elle tombe à 5,9 %. Est-ce le médicament qui agit sur la flore, ou le mode de vie de ces patients qui a changé après le diagnostic ? Les auteurs eux-mêmes préviennent que leur étude ne permet pas de trancher. Une association n’est pas une preuve de cause à effet.
Au passage, oubliez le fameux « ratio Firmicutes / Bacteroidetes » qu’on présente encore comme la signature de l’obésité. Observé chez la souris au milieu des années 2000, il s’est révélé très incohérent chez l’humain, et beaucoup de chercheurs le jugent aujourd’hui peu fiable.
L’effet yo-yo aurait-il une origine intestinale ?
C’est la piste la moins connue du grand public, et sans doute la plus parlante pour quiconque a déjà suivi un régime. En 2016, une équipe de l’Institut Weizmann, en Israël, a montré chez la souris que le microbiote garde la « mémoire » d’une obésité passée. Après un amaigrissement, tout redevenait normal dans l’organisme des animaux… sauf leurs bactéries, restées modifiées pendant environ six mois. Transférées à des souris sans microbiote, ces bactéries leur faisaient prendre du poids plus vite dès qu’on leur redonnait une alimentation très calorique. En cause : elles dégradaient certaines molécules végétales, des flavonoïdes, qui favorisent normalement la dépense d’énergie. Ce mécanisme n’a pas encore été démontré chez l’humain. Il invite toutefois à regarder la reprise de poids autrement que comme un simple manque de volonté.
Ce qui abîme le microbiote au quotidien
Les chercheurs français sont en pointe sur un suspect discret : les émulsifiants, ces additifs qui donnent leur texture aux produits ultra-transformés. En 2015, des travaux menés par Benoît Chassaing, aujourd’hui chercheur à l’Inserm, montraient chez la souris que certains d’entre eux altèrent le microbiote et favorisent une inflammation de bas grade et des troubles métaboliques. En 2024, la cohorte française NutriNet-Santé, qui a suivi plus de 104 000 adultes pendant sept ans en moyenne, a associé la consommation de plusieurs émulsifiants (carraghénanes, gomme guar, gomme xanthane, gomme arabique…) à un risque accru de diabète de type 2. L’étude est observationnelle, elle ne prouve pas la causalité, mais le faisceau d’indices se resserre. Autre facteur bien identifié : les antibiotiques pris sans nécessité, qui appauvrissent la diversité bactérienne.
Ce qui le nourrit vraiment
Pas besoin de cure spectaculaire. Les leviers les mieux documentés sont simples.
- Varier les végétaux. Dans l’American Gut Project, un vaste programme de recherche participative, les personnes qui consommaient plus de 30 végétaux différents par semaine avaient un microbiote plus diversifié que celles qui en mangeaient 10 ou moins. Fruits, légumes, légumineuses, céréales complètes, oléagineux, herbes et épices : tout compte. Un bol de flocons d’avoine avec une pomme, quelques noix et une pincée de cannelle, et vous en êtes déjà à quatre.
- Miser sur les fibres. Ce sont elles qui nourrissent vos bactéries. Elles ont en prime l’avantage de réguler le transit, et font partie des remèdes pour soulager naturellement la constipation.
- Ajouter des aliments fermentés. À l’université Stanford, 36 adultes ont augmenté leur consommation de yaourt, kéfir, choucroute, kimchi ou légumes lacto-fermentés pendant dix semaines. Leur microbiote s’est diversifié, et 19 marqueurs d’inflammation ont baissé. Détail intéressant : dans le groupe qui augmentait seulement ses fibres, la diversité n’avait pas encore bougé au bout de dix semaines. Le microbiote change, mais il demande de la patience. Côté courses, privilégiez le rayon frais : c’est là que les ferments sont encore vivants.
- Limiter les produits ultra-transformés, à la liste d’ingrédients à rallonge.
Existe-t-il une bactérie qui fait maigrir ?
C’est la question que tout le monde se pose, et la réponse honnête est non, pas à ce jour.
Les probiotiques « minceur ». Une méta-analyse regroupant 15 essais et 957 participants en surpoids ou obèses a mesuré une perte moyenne de 0,6 kg. Réel, mais bien loin des promesses des emballages. Pour s’y retrouver, mieux vaut commencer par comprendre la différence entre probiotiques et prébiotiques.
Akkermansia muciniphila. C’est l’une des bactéries les plus prometteuses, moins abondante chez les personnes obèses ou diabétiques. Elle renforce la barrière intestinale et limiterait le passage du LPS dans le sang. Dans un premier essai belge publié en 2019, sa forme pasteurisée a amélioré de 28 % la sensibilité à l’insuline en trois mois. La baisse de poids, environ 2 kg, n’était en revanche pas significative, et l’essai, exploratoire, ne portait que sur 32 personnes. Depuis 2022, cette forme pasteurisée est autorisée dans l’Union européenne comme nouvel aliment, réservé aux adultes, à l’exclusion des femmes enceintes ou allaitantes. Avant d’en prendre, parlez-en à votre médecin.
La transplantation fécale. Transférer le microbiote d’un donneur mince à une personne obèse a suscité beaucoup d’espoirs. Une méta-analyse de 2023 portant sur neuf essais ne trouve aucune différence de poids par rapport à un placebo. Certains paramètres, comme la glycémie, s’améliorent à court terme, mais l’effet disparaît au fil des semaines.
Peut-on savoir si son microbiote est « mauvais » ?
Il n’existe pas de symptôme qui signe à coup sûr un microbiote déséquilibré. Quant aux analyses de selles vendues en ligne, un consensus international de 69 experts publié dans The Lancet Gastroenterology & Hepatology estime qu’elles n’ont pas, aujourd’hui, de place en routine : il n’existe même pas de définition partagée de ce qu’est un microbiote « sain ».
Gardons cela à l’esprit
Le microbiote intestinal est bien l’un des acteurs de l’obésité : il influence l’énergie tirée des aliments, la satiété et l’inflammation chronique qui favorise la résistance à l’insuline. Mais il agit en interaction avec l’alimentation, la génétique, le sommeil et le mode de vie, jamais comme une cause isolée. L’obésité est une maladie multifactorielle, qui ne se résume ni à une question de volonté, ni à une flore que l’on corrigerait d’un coup de probiotique.
Si votre poids pèse sur votre santé ou votre quotidien, le bon réflexe n’est donc pas de chercher la bactérie miracle, mais d’en parler à un médecin. Une prise en charge de l’obésité digne de ce nom est globale : elle s’intéresse à l’alimentation, à l’activité physique, au sommeil, au vécu psychologique et aux éventuelles complications, avec un suivi dans la durée.
Sources : Inserm – dossier microbiote · Metacardis, Nature 2020 · ScienceDaily – Metacardis · Turnbaugh, Nature 2006 · Tolhurst, Diabetes 2012 · Weizmann – effet yo-yo · Thaiss, Nature 2016 · Chassaing, Nature 2015 · Inserm – émulsifiants et diabète · American Gut – ScienceDaily · Stanford – aliments fermentés · Probiotiques et poids · Depommier, Nature Medicine 2019 · Règlement UE 2022/168 · Transplantation fécale, PLOS One 2023 · Consensus tests de microbiote · Mayo Clinic · Cleveland Clinic · Microbiota y Bienestar ·
